MethPy è un nuovo software per l'analisi dei file di sequenza generati dal sequenziamento Sanger in campioni di DNA modificati con bisolfito e amplificati tramite PCR. L'output del sequenziamento ottenuto dopo il saggio al bisolfito deve essere confrontato con la sequenza di riferimento per identificare le citosine modificate. Questo compito può essere svolto tramite analisi assistita da software ma, finora, limitatamente ai siti CpG.
Il software MethPy è stato sviluppato per analizzare i profili di metilazione non-CpG in modo automatizzato. L'unicità di MethPy risiede nel fatto che permette di rilevare e contrassegnare automaticamente le citosine metilate al di fuori dei dinucleotidi CpG, ovvero le citosine nel cosiddetto contesto "non-CpG" o "CpH" (CpA, CpC, CpT).
Poiché la metilazione non-CpG è stata largamente ignorata o sottostimata, considerando questi siti sempre non metilati e quindi modificati, non sono mai stati sviluppati software in grado di contrassegnare i non-CpG metilati. Finora, il riconoscimento di queste citosine veniva eseguito "manualmente" dal ricercatore. MethPy colma questa lacuna, in un momento in cui la presenza rilevante e funzionale della metilazione non-CpG è sempre più riconosciuta.
MethPy è stato programmato in Python e consente il confronto delle sequenze modificate con bisolfito con le corrispondenti sequenze di riferimento. I risultati vengono mostrati immediatamente con l'opzione di visualizzare formati di output multipli (testo, tabelle e grafici).
L'uso di MethPy è gratuito, ma la fonte deve essere citata:
https://dmsp.web.uniroma1.it/it/methpy
Roiati M, Diniz Ferreira Borges L, Cattani A, Lucarelli M and Fuso A. MethPy: a new software for analyzing non-CpG methylation after bisulphite assay and Sanger sequencing”. 2025, in press.
When using MethPy, please cite the application and the related paper as follow:
"Roiati M, Borges LDF, Cattani A, Lucarelli M, Fuso A. MethPy: a new software for analyzing non-CpG methylation after bisulfite assay and Sanger sequencing. Sci Rep. 2025 Nov 26;15(1):42068. doi: 10.1038/s41598-025-26089-8"
